Государственный музей-памятник «Исаакиевский собор» включает в себя Исаакиевский собор, Церковь Вознесения Христова («Спас на крови»), Сампсониевский собор и на сегодняшний день — Смольный собор (решение о передаче Смольного собора в управление церкви принято несколько лет назад, но пока не реализовано: по закону музей должен получить равноценное помещение на замену, сейчас идет процесс оформление документов). Музей находится в городском подчинении, при этом, здания, памятники архитектуры — под федеральной защитой, и включены в петербургский ансамбль как объект всемирного наследия ЮНЕСКО. Директор музея Николай Буров не устает подчеркивать: «Наш музей уникален тем, что мы обслуживаем себя сами: все наши нужды, включая реставрационные».
Вопрос о дальнейшей судьбе Исаакиевского собора, а также «Спаса на крови» и Сампсониевского собора, остается открытым. Решение правительства города о том, останется ли собор музеем или станет действующим храмом, пока не принято; более того, не совсем ясно и то, в каком режиме будет работать собор в случае, если его передут в управление церкви. Именно эта неясность, прежде всего, становится причиной напряженных дискуссий сторонников и противников воссоздания в «Исаакие» действующего храма: если вход в собор будет бесплатным, кто возместит многомиллионные расходы на реставрацию памятника? Как статус собора повлияет на права обычных туристов, среди которых — атеисты, мусульмане, католики?
По словам Николая Бурова, музей «Исаакиевский собор» ежегодно посещают более 3 млн человек, оборот составляет 650 млн руб., примерно 50-70 млн руб. в год комплекс платит государству в виде налогов. Около 200 млн рублей в год уходит на реставрацию памятников культуры.